1518 wurde Klagenfurt von Kaiser Maximilian I. den Kärntner Ständen geschenkt, die es im Stil der Renaissance erweiterten und zur Festung ausbauten. Klagenfurt wurde landständische Residenz und in weiterer Folge Landeshauptstadt. Zwischen 1574 und 1594 wurde das Landhaus als Symbol ständischer Macht erbaut, 1590 schuf der Bildhauer Ulrich Vogelsang den Lindwurm als Wappentier und Wahrzeichen der Stadt.
Landhaus im Jahr 1605
Landesfürstlicher Absolutismus und Zentralismus
Kaiser Karl VI. empfing 1728 im Klagenfurter Landhaus als letzter habsburgischer Herrscher die Erbhuldigung der Stände. Neue Protestantenverfolgungen führten 1732 zur Emigration vieler Kärntner Protestanten nach Siebenbürgen.
Zwischen 1748 und 1756 brachten die zentralistischen Verwaltungsreformen Maria Theresias auch in Kärnten die Kreiseinteilung (Villacher, Klagenfurter, Völkermarkter Kreis), womit die Macht der Stände praktisch gebrochen war.
1781 bekannten sich auf Grund des Toleranzpatentes Josephs II. über 14.000 Protestanten zu ihrem Glauben, 13 sogenannte Toleranz- und acht Filialgemeinden entstanden daraufhin. Die Zeit des Geheimprotestantismus war damit zu Ende, im gleichen Jahr wurde auch die Leibeigenschaft aufgehoben. 1782 wurde Kärnten der Verwaltung in Graz unterstellt, die bisherige ständische Selbstverwaltung wurde dadurch aufgehoben und die administrative Selbständigkeit des Landes (mit Unterbrechungen von 1790 - 1804) beseitigt.
Zwischen 1783 und 1787 wurden im Zuge der Josephinischen Kirchenpolitik auch mehrere Kärntner Klöster aufgehoben.
Die Franzosenzeit
Johann Baptist TürkZwischen 1797 und 1813 war auch Kärnten Schauplatz der Franzosenkriege. Führer des Widerstandes war Johann Baptist Türk, der "Kärntner Andreas Hofer". 1809 musste Franz I. von Österreich im Frieden von Schönbrunn den Villacher Kreis an Napoleon I. von Frankreich abtreten, der es in die sogenannten "illyrischen Provinzen" eingliederte. 1813 wurde der Villacher Kreis zurückerobert und wurde später Teil des Königreichs Illyrien mit dem Gubernium in Laibach. 1825 wurde auch der Klagenfurter Kreis dem Laibacher Gubernium unterstellt.
Johann Baptist Türk
Nach der Revolution von 1848
Die Revolution von 1848 hatte auch Auswirkungen auf Kärnten, wo eine eigene Nationalgarde aufgestellt wurde. Der erste frei gewählte provisorische Kärntner Landtag sprach sich mit den Stimmen der Slowenen für ein ungeteiltes Land aus. Kärnten wurde wieder selbständiges Kronland mit dem Sitz der Landesregierung in Klagenfurt. Die Grundentlastung der Bauern löste die Abhängigkeit von den alten Grundherrschaften, an deren Stelle die 1849/50 eingerichteten politischen Ortsgemeinden traten. Ende März 1861 wurde in Kärnten der Landtag gewählt, mit der ersten Sitzung am 6. April begann die bis heute maßgebende Zählung der Gesetzgebungsperiode.